Despues de dirigir y producir varios cortos y dos mediometrajes Akixo (1988) y El reino de Victor (1989), Juanma Bajo Ulloa rueda su primera película, Alas de Mariposa (1991), con la que obtiene diversos premios como director revelación, entre ellos la Concha de Oro en el festival de San Sebastián, el Goya a la mejor Dirección Novel,al mejor Guión Original y a la mejor actriz Principal: Silvia Munt.
Fuera de España, la primera película de Juanma Bajo Ulloa obtuvo el Premio Opera Prima y de Público en el festival Internacional de Seattle, y el Premio de la Asociación de Criticos de Nueva York a la mejor Opera Prima. Tras el éxito arrollador de Alas de Mariposa, dirige en 1992-93 La Madre Muerta, película con la que también consigue varios premios y menciones en diversos festivales internacionales, como la mejor dirección en el The World Film Festival (Canadá), Premio de la Crítica a la Mejor Película en el Festival de Estocolmo y el de Fantasporto (Portugal) por destacar alguno. Desde 1994, ha dirigido y producido varios video clips para Joaquín Sabina, Los Enemigos,Barricada, etcétera.
Lo último a lo que se ha atrevido Juanma es a hacer teatro, una comedia que mezcla el mundo audiovisual con el escenario. La obra se llama "Pop Corn" y, como su propio nombre indica, son dos horas de divertimento total. Le acompañan grandes actores y actrices en esta locura.